급작스럽게 마나모아를 폐쇄한 뒤 옮겨온 탓인지 마나모아 시절에 있던 상당수의 만화가 없으며, 있는 것 중에도 순서가 뒤죽박죽이거나 중간중간 빠진 것이 있다. 과거 만화의 데이터베이스 관리를 포기한 것으로 보인다. 때문에 마루마루에서 직접 번역한 만화도 정작 마나토끼에는 없고 경쟁 사이트인 제이마나나 일일툰에 있는 경우가 빈번하다.
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다만 그 댓글을 다는 사람들이 돈주고 웹툰을 구매해온 사람들이 아님을 생각해보고 읽어보자. 대부분의 평가들이 나사 하나쯤은 빠진 어거지식 논리인 경우도 많다.
(무단 복제 만화, 무단 복제 웹툰, 무단 복제 소설, 불법 도박 광고, 불법 성매매 광고)
과거 일본 출판업계에선 인쇄소 및 유통업자들이 휴대폰 카메라 등으로 만화를 촬영해서 일본 웹에 올리는 행위가 빈번했는데 소위 말하는 '저화질 스포'가 바로 이것이다.
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뉴토끼, 마나토끼, 북토끼 모두 같은 형식의 사이트이며 뉴토끼가 중심 역할을 맡고있다.
과거에 업로드된 만화를 삭제하고 다시 업로드하는 경우도 있는데, 보통 불법번역본을 정발본으로 대체하는 경우다. 소속 역식자를 통해 자체 번역하던 작품도 정발본 스캔이 올라오면 정발본 버전으로 대체하고, 정발이 이어지지 않으면 그대로 자체 번역까지 포기하는 경우도 잦다.
게다가 회원정보 관리도 엉망이다. 가입된 회원의 아이디나 비번, 이메일이 없는 아이디나 비번, 이메일이라고 뜨거나 거기에 정작 재가입을 하려고 하면 뉴토끼2 있는 아이디나 이메일이라고 뜨는 일이 허다하게 발생한다.
관리를 전혀 안할것같이 보이지만 아주 가끔 블라인드 처리 등으로 관리하는 경우가 있긴 있다. 블라인드 뉴토끼 대상 중 하나는 숫자놀이.
¹. 네덜란드 퀴라소에 본사를 두고 아일랜드, 미국에 뉴토끼 주소 별도 회사를 설립해 공동으로 운영함.
또한 번역본에 역식자의 이름을 표기하거나 역식 뉴토끼 시즌2 후기가 함께 업로드되는 일도 상대적으로 줄어든 편이다. 때문에 박사장(붕마루)의 뉴토끼 주소 이름을 찾아보기도 힘들어졌다.
소설 하나 분량을 뽑아다 올리고, '˚✧₊⁎( ˘ω˘ )⁎⁺˳✧༚' 같은 특수한 형태의 카오모지 를 많이 사용하는 것 또한 특징.